Desa Mangunrejo terbentuk sejak jaman Pemerintah Kolonial Belanda. Adapun kepemimpinan desa Mangunrejo dipimpin oleh seorang Lurah desa dimulai tahun 1920. Sedangkan sistem pemerintahan lurah desa menjadi kepala desa mulai tahun 1963. Sebelum tahun 2000, Desa Mangunrejo masuk sebagai wilyah Kecamatan Dempet, dan setelahnya menjadi bagian dari kecamatan baru, kecamatan Kebonagung. Personil yang pernah menjabat sebagai Lurah Desa maupun Kepala Desa adalah sebagai berikut :

1. JOYO SEMPRONG
2. DIPO
3. NGOJOYO
4. TRUNO DONGSO
5. SOWIJOYO
6. KROMO DRONO
7. DASUKI
8. SODIWIRYO
9. KARSIDI
10. HARTOJO                  Tahun 1963-1985
11. DJOKO RIYANTO    Tahun 1986-1993
12. SUTRISNO                Tahun 1994-2009
13. SUPRIYONO             Tahun 2010-sekarang